这个方案的主要目的是提高或者增加这个软件的图示,我选择的workflow叫generegulation
关于这个workflow: http://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/generegulation.html
这个workflow会帮助我们找到转录因子, 我们会输入酵母的序列,这里已经告诉我们如果我们要
找酵母的转录因子, 我们要安装这些文件。如下
然后在r中用这些文件 我们要这样做,如图,
这个workflow有很多功能,但我的重点是找到不同酵母的转录因子,然后做一个图, 大概长这样
第一个图 就是标明这个转录因子会寻找 这个酵母序列的哪个位置,并且把这个一小段的具体序列
用字母标出来,然后第二个图标明了这个铭感的序列在整个序列的哪个位置,在这个图上我还希
望有个附加信息,(如下图)
http://bioconductor.org/packages/release/workflows/html/generegulation.html
就是在上面那个图像具体标出的一小段序列前后标出各有多少nt
以上是我的要求,不用非常精准,只要图像有我要大家看到的东西就可以。
关于generegulation更具体介绍和使用方法网址:
https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/generegulation/inst/doc/generegu
lation.html
关于写的r package有一些要求,
链接:
R package book: http://r-pkgs.had.co.nz/
基本都是介绍如何使用 r 但是要注意他要求的包括的内容
https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/generegulation/inst/doc/generegulation.html
https://www.bioconductor.org/packages/devel/workflows/vignettes/generegulation/inst/doc/generegulation.html
http://r-pkgs.had.co.nz/
CRAN policy: https://cran.r-project.org/web/packages/policies.html
Bioconductor package guidelines: https://www.bioconductor.org/developers/package-guidelines/
以上两个链接是说 我写的这个package要符合bioconductor 和cran的环境
R coding style rules: http://steipe.biochemistry.utoronto.ca/abc/index.php/RPR-Coding_style (也是
一些介绍)
注意: 要求写test 和 用testthat, 可以在第一个链接找到。
注意: 所有用Google或者百度找的语句 要标注出来,不然算作弊。
https://cran.r-project.org/web/packages/policies.html
https://www.bioconductor.org/developers/package-guidelines/
http://steipe.biochemistry.utoronto.ca/abc/index.php/RPR-Coding_style